蘑菇的难闻气味主要来源于挥发性硫化物和醛类物质，这些成分在特定品种或储存不当情况下会产生类似腐败的气味。常见于硫磺菌、马勃等野生品种，或存放时间过长的食用菌。
蘑菇在生长过程中会合成含硫化合物如二甲基三硫醚，这是多数刺鼻气味的来源。部分品种为抵御虫害会主动分泌这类物质，尤其在成熟期或受到机械损伤时更为明显。食用菌在采摘后仍保持代谢活性，若储存环境湿度过高或密封不当，微生物分解蛋白质会产生氨类异味物质，同时菌褶中残留的孢子释放也会加重特殊气味。
野生蘑菇的异味通常与毒素存在关联，例如鹅膏菌属的腐败气味往往伴随剧毒。人工栽培的平菇、杏鲍菇等偶尔出现酸败味，多因运输碰撞导致细胞破裂释放酶类物质。部分可食用菌如黑虎掌菌本身带有类似汽油的刺激性气味，经高温烹煮后反而形成独特风味。
选购蘑菇时应观察菌盖是否干爽无黏液，菌褶颜色均匀无发黑迹象。新鲜蘑菇建议用牛皮纸包裹冷藏保存，避免塑料袋密封。烹饪前可用淡盐水浸泡十分钟减轻土腥味，高温爆炒或加入姜蒜等香辛料能有效中和异味。对气味异常敏感的群体可选择气味较淡的金针菇、白玉菇等品种，出现明显腐败气味的蘑菇应立即丢弃。
