蘑菇不新鲜时通常表现为颜色发暗、质地变软、表面黏滑或有异味。新鲜蘑菇应具有均匀色泽、紧实质地和清新气味，若出现菌盖边缘发黑、菌褶变色、水分渗出或霉斑则表明已变质。误食变质蘑菇可能导致胃肠不适甚至食物中毒，建议丢弃处理。
蘑菇颜色变化是最直观的变质信号。白蘑菇出现黄褐色斑点，香菇菌盖由棕褐色转为深黑，金针菇尖端发黄或发黏，均属于典型腐败特征。部分品种如杏鲍菇变质时会产生暗绿色霉斑，平菇则会从边缘开始萎缩卷曲。这些色素变化源于多酚氧化酶作用导致的多酚类物质氧化聚合。
质地改变是判断蘑菇新鲜度的重要依据。新鲜蘑菇轻压有弹性且不易留痕，变质后因细胞壁分解会明显变软，按压后难以回弹甚至渗出汁液。特别是口蘑、双孢菇等含水量高的品种，腐败后菌柄易与菌盖分离，内部组织呈海绵状。若发现蘑菇表面有滑腻感或拉丝现象，说明微生物已大量繁殖。
日常储存蘑菇建议用牛皮纸袋包裹后冷藏，避免密封塑料袋导致冷凝水加速腐败。烹饪前需仔细检查蘑菇状态，轻微脱水可切除局部后尽快食用，但出现明显异味或霉变必须丢弃。对于野生蘑菇，即使外观正常也不建议食用，误食毒蘑菇可能引发肝肾损伤，出现呕吐腹泻症状需立即就医。
