臭豆腐变质后会出现气味异常、质地改变、颜色变化、霉斑滋生、口感酸涩等明显特征。变质臭豆腐可能产生刺鼻氨味或腐败味，表面发黏滑腻，内部疏松多孔或硬化结块颜色发黑发绿，霉变部位呈现绒毛状菌斑，品尝时有明显苦涩或酸败感。
臭豆腐作为发酵豆制品，其变质过程与微生物过度繁殖直接相关。正常发酵产生的气味是醇厚豆香混合硫化物气息，变质后硫化物转化为氨类物质产生刺鼻臭味。质地方面，蛋白质被腐败菌分解后失去弹性，出现黏液或干硬分层。颜色变化源于霉菌孢子的滋生，常见青霉和毛霉会形成绿色或黑色菌落。口感异常来自腐败菌代谢产生的有机酸和生物胺，可能引发恶心呕吐等消化道症状。
部分商业包装臭豆腐可能出现胀袋或汁液浑浊，但未开封产品也可能因灭菌不彻底而变质。家庭自制臭豆腐更易受环境杂菌污染，尤其在25-30摄氏度储存时，金黄色葡萄球菌等致病菌繁殖速度加快。需注意臭豆腐本身带有发酵酸味，要与变质酸味区分，后者往往伴随口腔黏膜刺激感。若发现豆腐胚体出现网状霉丝或粉状霉斑，即使局部霉变也应整块丢弃。
购买臭豆腐应选择正规商家的真空包装产品，开封后需冷藏并在48小时内食用完毕。自制臭豆腐需使用专用发酵菌种，发酵容器要沸水消毒，室温发酵不宜超过36小时。食用前可先用清水浸泡10分钟，若浸泡水变浑浊或散发异味则禁止食用。胃肠功能较弱者及孕妇应控制食用量，出现腹痛腹泻等症状应立即就医。储存时注意与生鲜食品隔离，避免交叉污染加速腐败。
