自然发酵的臭豆腐可以通过传统工艺制作，主要步骤包括浸泡大豆、磨浆煮浆、点卤凝固、切块发酵等。臭豆腐的风味形成与发酵过程中微生物作用密切相关，合理控制温湿度是关键。
一、浸泡大豆
选择颗粒饱满的黄豆清洗后浸泡，夏季浸泡时间约6-8小时，冬季需延长至10-12小时。充分吸水膨胀的黄豆更易磨浆，蛋白质溶出率更高。浸泡用水建议使用井水或过滤水，避免自来水中的氯影响发酵菌群活性。
二、磨浆煮浆
将泡发黄豆与清水按1：3比例磨成生豆浆，用纱布过滤豆渣后倒入锅中煮沸。煮浆过程中需持续搅拌防止糊底，沸腾后转小火维持5分钟以破坏抗营养因子。煮好的豆浆应呈现乳黄色，具有浓郁豆香无焦糊味。
三、点卤凝固
待豆浆降温至80℃左右时加入盐卤或石膏水点浆，边加边缓慢搅拌至出现絮状物。静置15分钟后形成豆花，用纱布包裹压制成型。豆腐坯的硬度会影响后期发酵效果，通常压制成3厘米厚方块为宜。
四、接种发酵
将豆腐坯置于竹筛上自然接种环境微生物，保持温度25-30℃、湿度70%左右。传统方法会在发酵室放置稻草或腐乳汤引菌，2-3天后表面出现白色菌丝并产生特殊气味。发酵过度会导致质地松散，需每日观察状态。
五、后期处理
发酵完成的豆腐坯可用茶油、辣椒等调料浸泡腌制，或直接油炸食用。若需长期保存，可将臭豆腐放入灭菌容器中，加入卤汁密封冷藏。发酵过程中产生的硫化物具有挥发性，建议在通风环境操作。
自制臭豆腐需特别注意食品安全，发酵器具要彻底消毒，避免杂菌污染。肠胃敏感者应控制食用量，高血压患者需减少腌制用盐。发酵环境温度过低会延长制作周期，温度过高易腐败变质，建议在春秋季节尝试制作。完成后的臭豆腐可搭配米粥、馒头食用，其富含植物蛋白和益生菌，但特殊气味可能刺激呼吸道，烹饪时建议开启抽油烟机。
