鸡蛋壳清洗时建议用流动的温水轻柔冲洗，避免使用洗涤剂或过度摩擦。鸡蛋壳表面可能存在沙门氏菌等微生物，正确清洗可降低污染风险，同时需注意保持蛋壳完整避免细菌渗入。
鸡蛋壳表面天然有一层保护膜，能阻挡部分细菌侵入。用40度左右的温水冲洗既能有效去除污物，又不会破坏这层膜。冲洗时可用手指轻轻搓洗表面脏污，时间控制在20秒内。清洗后立即擦干水分并冷藏保存，避免潮湿环境滋生细菌。若蛋壳有明显裂纹或破损，不建议清洗直接丢弃。
部分人会用醋或小苏打溶液浸泡鸡蛋杀菌，但酸性环境可能腐蚀蛋壳微孔结构。工业级鸡蛋通常采用紫外线消毒，家庭清洗无法达到同等效果。若需彻底灭菌建议煮熟后食用，生食鸡蛋存在较高安全风险。有机鸡蛋或散养鸡蛋表面污染物更多，更需彻底清洁。
日常存放鸡蛋时应尖端朝下放置，冷藏温度保持在4度以下。烹饪前再次检查蛋壳完整性，打蛋时避免蛋壳碎屑混入食物。老人、孕妇及免疫力低下者建议避免生食鸡蛋，煎炒烹炸需确保蛋黄完全凝固。鸡蛋营养丰富但需注意食品安全，合理清洗和储存能最大限度降低健康风险。
