柠檬皮发苦主要与柠檬品种、果皮中苦味物质含量、未成熟采摘或储存不当等因素有关。苦味物质主要包括柠檬苦素、柚皮苷等天然成分，通常对人体无害但影响口感。
1、品种差异
部分柠檬品种如尤力克柠檬果皮较厚，苦味物质含量较高。这类品种在生长过程中会自然合成更多柠檬苦素类化合物，尤其在果皮与白瓤部分富集。不同品种的苦味阈值差异可达数倍，选择薄皮品种可减少苦味体验。
2、未成熟采摘
过早采摘的柠檬果皮中柚皮苷含量可达成熟果实的3倍以上。这类柠檬表皮呈深绿色且质地坚硬，其苦味前体物质尚未完全转化。商业运输中为延长货架期提前采收，是导致市售柠檬发苦的常见原因。
3、储存条件不当
低温冷藏会抑制柠檬苦素降解酶的活性，导致苦味物质积累。当储存温度低于8摄氏度时，果皮细胞膜通透性改变，苦味成分更易渗出。长期暴露在干燥环境中也会使果皮脂氧化，产生类似奎宁的苦涩物质。
4、食用部位影响
柠檬皮外层油胞层含芳香精油，而内侧白瓤集中了80%以上的苦味物质。削皮时保留过多白色海绵层，或榨汁时过度挤压果皮，都会使柚皮苷大量溶出。专业料理通常仅使用表皮黄色部分。
5、种植因素
干旱胁迫或氮肥过量会刺激柠檬树产生防御性苦味物质。土壤缺钾时，柠檬果皮会增厚并积累更多酚类化合物。有机种植的柠檬因不使用化学催熟剂，苦味物质代谢更完整，实际苦味可能更低。
对于苦味明显的柠檬皮，可先用盐水搓洗去除表面蜡质，再用沸水快速焯烫10秒以破坏苦味酶。制作饮品时建议仅用削取的黄色表皮，避免白色髓质部分。将柠檬皮与砂糖腌制48小时，或晒干后低温烘烤，都能有效降低苦味。日常储存应放置于阴凉通风处，避免与其他气味强烈的食物接触。若发现果皮出现褐色斑点或霉变，则不宜继续使用。
