花椒适合冷藏保存，冷冻可能导致香气流失和质地变差。花椒的保存方式主要受湿度、氧化速度、使用频率、储存容器密封性、环境光照等因素影响。
花椒冷藏能有效减缓氧化速度，保留挥发性芳香物质。家用冰箱冷藏室温度稳定在4℃左右，配合密封罐或真空包装可隔绝湿气。短期保存时可将干燥花椒装入玻璃罐，避免与气味强烈的食物混放。每月检查一次是否有受潮结块现象，发现霉变需立即丢弃。
冷冻虽能延长保质期，但低温会使花椒细胞结构受损，解冻后香气成分易挥发。整粒花椒冷冻后表皮易开裂，研磨时出油率下降。若必须冷冻保存，建议分装成小份量，使用时直接取出所需量避免反复解冻。冷冻花椒更适合用于炖煮类菜肴，高温烹制能部分激发残留香气。
日常保存花椒需保持环境干燥阴凉，开封后尽量在半年内使用完毕。少量购买、定期更换能保证最佳风味，避免使用透明容器存放。潮湿地区可放置食品干燥剂，研磨成粉的花椒建议两周内用完，搭配密封性更好的金属罐保存。
