鲜蘑菇可以用流动清水冲洗配合软毛刷轻刷表面，能有效去除泥沙和杂质。清洗时需避免长时间浸泡，防止营养流失和口感变差。
鲜蘑菇表面常附着泥土、木屑等杂质，清洗时建议先切除根部硬结部分，再用流动清水从菌盖向菌柄方向冲洗。水流压力不宜过大，避免破坏菌肉结构。对于伞状蘑菇如香菇，可将菌褶朝下轻轻晃动冲洗。使用软毛牙刷或专用蘑菇刷轻刷菌盖表面皱褶处，能更彻底清除缝隙中的沙粒。清洗后立即用厨房纸吸干水分，或置于沥水篮中自然晾干。
部分特殊品种如牛肝菌、松茸等表面有黏液层，可先用淡盐水浸泡1-2分钟分解黏液，再用流水冲洗。野生蘑菇需特别注意褶皱和菌柄底部的杂质，必要时可快速焯水处理。清洗过程中发现虫蛀或变质部位应当直接丢弃，不可食用。
蘑菇富含水溶性维生素和矿物质，过度清洗或浸泡会导致营养流失。建议烹饪前1小时内完成清洗，避免提前处理造成腐败。储存未清洗的鲜蘑菇时，可用牛皮纸包裹后冷藏，保持干燥透气。对于表面特别脏的野生蘑菇，可先用小刀刮除明显污物再进行冲洗，既保证清洁度又最大限度保留风味物质。
