干花椒更适合冷藏保存，冷冻可能导致香气流失和质地变硬。花椒的储存方式主要受湿度、温度、密封性、光照、使用频率等因素影响。
冷藏环境下干花椒能保持相对稳定的干燥状态，避免受潮结块。花椒中的挥发性芳香物质在0-4℃冷藏温度下活性降低但不会完全丧失，冷藏保存3-6个月仍能保留大部分麻味素和柠檬烯等有效成分。建议使用密封性良好的玻璃罐或铝箔袋分装，放置于冰箱冷藏室远离水分的位置，每次取用后及时密封。
冷冻虽然能延长保存时间至1年以上，但低温会导致花椒表皮细胞破裂，解冻后香气成分加速挥发。反复冻融还会使花椒吸收冰箱异味，质地变得松脆易碎。若短期无法用完需冷冻保存，应提前分装成小份真空密封，使用时直接取出研磨避免解冻。特殊情况下如南方梅雨季环境湿度超过80%，可短暂冷冻2-3周防霉变。
储存干花椒时需注意避光防潮，定期检查有无虫蛀霉变。可与干燥剂同放但避免直接接触，新老花椒不宜混存。日常取用建议优先消耗冷藏保存的花椒，冷冻保存的适合用作炖煮类菜肴。若发现颜色发暗或香气明显减弱，可焙炒后研磨成花椒粉使用。
