山药发芽一般还能吃，不会产生有毒物质，但口感和营养可能有所下降。
山药发芽与土豆发芽不同，其芽体中不含有龙葵素等对人体有害的毒素，因此单纯因发芽而产生的山药，在削去芽眼及周围部分后，其余肉质部分通常是可以安全食用的。这种情况多见于储存时间较长或环境温度湿度适宜时，山药为了延续生命而进行的自然生理活动。此时山药内部的淀粉和水分会大量消耗以供给芽体生长，导致块茎变得干瘪、纤维化，烹饪后的软糯口感会大打折扣，甜味也会减少，营养价值相较于新鲜山药有所降低。如果山药除了发芽外，表皮完好无损，内部肉质依然洁白紧实，没有发黑、腐烂或散发异味，经过彻底清洗和高温烹煮后食用是安全的。对于消化功能较弱的人群，建议将发芽山药去皮切块后长时间炖煮，使其充分软化，以减少对胃肠道的刺激，或者将其切片晒干制成山药干，用于煲汤或泡茶，既能利用剩余价值，又能改善口感。
若发现山药在发芽的同时伴有表皮皱缩严重、按压松软、内部出现黑斑、霉变或散发出酸腐气味，则说明山药已经发生了严重的变质或受到了霉菌感染，此时绝对不能食用。这类变质山药中可能滋生了黄曲霉毒素或其他致病菌，即使切除可见的腐烂部分，肉眼看不见的毒素也可能已经渗透到整个块茎内部，食用后极易引发恶心、呕吐、腹痛、腹泻等食物中毒症状，严重时甚至会导致肝肾功能损伤。此外，部分人群可能对山药黏液中的植物碱过敏，接触或食用后会出现皮肤瘙痒、红肿或呼吸道不适，这类人群在处理发芽山药时应佩戴手套，若食用后出现不适应立即停止并就医。日常储存山药时，应将其置于阴凉、干燥、通风良好的地方，避免阳光直射和潮湿环境，也可用报纸包裹后放入冰箱冷藏室保存，以延缓其发芽和变质过程，确保食材的新鲜与安全。
