泡发后的木耳可以冷冻保存，但新鲜木耳不建议直接冷冻。木耳保存方式主要受含水量、储存温度、密封性、保存时长、食用方式等因素影响。
泡发后未吃完的木耳沥干水分后装入密封袋冷冻，可保存较长时间。冷冻会导致木耳细胞结构破坏，解冻后口感变软失去脆性，适合用于炖汤或炒菜等需要软烂口感的烹饪方式。冷冻保存的木耳需避免反复解冻，每次取用后尽快密封回冻。解冻后的木耳应观察是否有黏液或异味，出现变质需丢弃。
新鲜木耳因含有卟啉类光敏物质，直接冷冻可能导致细胞破裂释放更多有害成分。新鲜木耳建议阴凉通风处摊开晾干或冷藏短期保存，冷藏时需用厨房纸吸干表面水分并放入透气容器。干木耳比鲜木耳更耐储存，未泡发的干木耳在干燥避光处可存放数月。
木耳富含膳食纤维和矿物质，但不当储存易滋生细菌。建议根据食用量分批泡发，冷冻保存的木耳一周内食用完毕。烹饪前需充分清洗并沸水焯烫，凉拌木耳需确保新鲜制作。胃肠功能较弱者应控制木耳摄入量，避免食用储存不当或变质的木耳引发不适。
