葡萄干更适合冷藏保存，冷冻可能导致口感变硬或营养流失。葡萄干的保存方式主要受湿度、氧化速度、糖分结晶、微生物滋生、保质期等因素影响。
葡萄干含糖量较高，冷藏环境能有效抑制微生物繁殖，同时避免糖分过度结晶。冰箱冷藏室温度稳定在4℃左右，既能延长保质期，又可保持葡萄干柔软湿润的质地。短期保存时建议用密封罐或保鲜袋隔绝空气，防止吸潮结块。若发现表面出现白霜属正常糖分析出现象，不影响食用。
冷冻会使葡萄干内部水分形成冰晶，解冻后易出现干硬、黏连等问题。长期冷冻还会导致部分水溶性维生素如维生素B族流失，花青素等抗氧化物质活性降低。特殊情况下如需保存超过半年，可分装小份冷冻，食用前室温缓慢回温，但风味和口感会有所下降。
日常保存葡萄干应注意避光防潮，开封后尽量两个月内食用完毕。搭配燕麦、酸奶时可提前取出恢复室温，避免低温影响消化吸收。特殊人群如糖尿病患者需控制单次摄入量，建议选择无添加糖分的天然晾晒葡萄干。
