芥菜的苦味通常对人体无害，这种苦味主要来源于硫代葡萄糖苷等天然成分，适量食用反而可能有助于健康。若对苦味敏感或存在特定健康问题，可能出现胃肠不适。
芥菜中的苦味物质属于植物次生代谢产物，具有抗氧化和抗炎特性。硫代葡萄糖苷在人体内可转化为异硫氰酸盐，这类化合物被研究认为可能抑制癌细胞生长，同时促进肝脏解毒酶活性。烹饪过程中，焯水或高温快炒能有效减轻苦味，保留大部分营养成分。对于健康人群，定期食用苦味蔬菜可帮助刺激消化液分泌，增强食欲。
少数人群可能因体质差异出现不良反应。甲状腺功能异常者需控制摄入量，因硫苷可能干扰碘吸收。胃肠黏膜受损患者过量食用可能加重灼烧感，建议搭配富含蛋白质的食物缓解刺激。部分品种的野生芥菜可能含有较高生物碱，误食后可能引起轻微中毒症状，栽培品种通常不存在此风险。
日常食用建议选择嫩叶部分，苦味物质含量较低。可将芥菜与香菇、豆腐等鲜味食材同烹，利用谷氨酸钠中和苦味。储存时避免阳光直射，防止苦味物质浓度升高。特殊人群首次尝试可从小剂量开始，观察身体反应后再调整食用量。
