蒜头发黑一般不建议继续食用。蒜头变黑可能是由于霉变或氧化导致，存在食品安全风险，但轻微氧化变色的蒜瓣去除变色部分后或可短期使用。
蒜头变黑最常见的原因是储存不当导致霉变。潮湿环境易滋生霉菌，霉变蒜头表面可能出现黑色斑点或整体发黑，同时伴有霉味或质地变软。霉变产生的黄曲霉毒素等有害物质耐高温，普通烹饪无法分解，食用后可能引发胃肠不适甚至肝脏损伤。若发现蒜瓣内部有黑色菌丝或腐烂迹象，必须整头丢弃。
少数情况下蒜头变黑属于非霉变氧化。切开的蒜瓣接触空气后，蒜素与氧气反应可能生成蓝色或黑色硫化物，这种现象在酸性环境中更明显。若蒜头仅表皮轻微变色、无异味且质地坚硬，可剥去变色层后尽快使用。但氧化蒜头的风味和营养价值已下降，不建议长期存放或生食。
日常储存蒜头应选择阴凉通风处，避免潮湿和高温。完整未剥皮的蒜头可悬挂保存，已剥开的蒜瓣需密封冷藏并尽快使用。若烹饪后蒜蓉变绿或变蓝属于正常化学反应，但出现黑色霉斑或腐坏气味则需停止食用。特殊人群如免疫力低下者、孕妇儿童应避免食用任何变色蒜头，以防食物中毒风险。