柠檬可以放常温保存也可以放冰箱冷藏，具体选择取决于保存时间和使用需求。
柠檬在常温下保存适合短期使用，通常可存放一周左右。常温保存的柠檬表皮会逐渐变干，但内部水分和风味保留较好，适合现切现用。温度过高可能导致柠檬过快失水或霉变，建议放在阴凉通风处，避免阳光直射。切开后的柠檬必须冷藏，否则容易滋生细菌。
冰箱冷藏可延长柠檬保鲜期至2-4周。低温能有效延缓水分流失和氧化，完整柠檬用保鲜袋密封后冷藏可最大限度保持新鲜度。但冷藏可能导致表皮出现褐色斑点，这属于正常现象不影响食用。冷冻保存会使柠檬细胞破裂，解冻后仅适合榨汁使用，不适合切片装饰。
无论采用哪种保存方式，都应避免将柠檬与气味强烈的食物存放在一起。完整柠檬保存前无须清洗，表面天然蜡质层有保护作用。若发现表皮发霉或果肉变软应立即丢弃。日常少量购买、尽快食用是保持柠檬风味的最佳方式，长期保存可考虑制作成柠檬干或柠檬蜜。