茄子芯发黑色不一定是坏了，可能是氧化或品种特性导致，但若伴随异味或软烂则可能变质。茄子切开后内部变黑主要有自然氧化反应、低温冻伤、品种差异三种情况，而腐败变质通常伴有质地改变和异味。
茄子含有酚类物质，切开后接触空气会发生酶促褐变反应，导致果肉颜色变深，这与苹果切面变褐原理类似，属于正常现象，食用前削去变色部分即可。部分紫黑色品种的茄子内部本身带有深色脉络或籽粒颜色较深，并非变质表现。若茄子储存温度低于10度可能发生冷害，果肉出现褐色斑点或局部发黑，但未腐烂时仍可食用。
茄子变质时内部发黑且质地软烂，按压有汁液渗出，伴有酸腐或霉味，切开可见霉菌菌丝或大面积腐烂。若表皮出现凹陷、皱缩或黏滑感，或切开后果肉呈不均匀黑斑并蔓延，则可能被细菌或霉菌污染。夏季高温环境下储存超过3天的茄子更易腐败，建议购买时选择表皮光滑紧实、蒂萼鲜绿的茄子，切开后尽快烹饪或浸泡于淡盐水中减缓氧化。
日常储存茄子时建议用保鲜膜包裹后置于冰箱冷藏室蔬果盒中，避免挤压或与其他成熟水果混放。烹饪前检查茄子内部状态，轻微褐变可切除后正常食用，若发现异味、霉斑或软烂则需丢弃。茄子富含花青素和膳食纤维，适量食用有助于抗氧化和促进胃肠蠕动，但脾胃虚寒者不宜过量生食。