豆腐自然放臭后可以食用，但需确保发酵过程安全可控，通常适合煎炸、蒸煮或作为调味料使用。臭豆腐的制作原理是通过微生物发酵产生特殊风味，但需警惕变质风险。
发酵完成的臭豆腐质地松软且带有独特香气，适合高温烹饪以提升风味。传统做法是将豆腐块置于稻草或竹筛上自然发酵，表面形成白色菌丝后洗净。油炸臭豆腐是最常见的吃法，外皮酥脆内里绵软，搭配辣椒酱或蒜泥更佳。蒸臭豆腐可保留原味，常与肉末、香菇同蒸。发酵过程中蛋白质分解产生氨基酸，使豆腐更易消化吸收，但部分人群可能出现胃肠不适。
若豆腐出现黑色霉斑、酸腐味刺鼻或黏液分泌则已变质，误食可能引发呕吐腹泻。家庭自制需严格控制温湿度，发酵环境超过24小时需冷藏抑制杂菌。糖尿病或免疫力低下者应避免食用，商业生产的臭豆腐经过灭菌处理更安全。发酵豆制品含较多嘌呤，痛风患者需限量食用。
食用臭豆腐建议选择正规商家产品，避免街头摊贩卫生隐患。自制时使用新鲜豆腐并彻底加热，搭配新鲜蔬菜平衡营养。发酵食品虽有助于肠道健康，但高盐高油做法需控制摄入频率。出现腹胀或过敏反应应立即停食，消化系统敏感者可选择低盐发酵的毛豆腐替代。