慢性肠炎的原因有很多，如细菌、霉菌、病毒、原虫等微生物感染，过敏、变态反应等原因所致。病变多由急性肠炎延治或误治诱致，胃肠粘膜充血、水肿、渗出、逐渐加重。另外，长期过度疲劳、情绪激动、过度精神紧张，加以营养不良，咀嚼障碍、胃酸缺乏、胃大部切除术后、肠道寄生虫病等，均可导致疾病发作。

1、自身免疫

随着社会发展，医学的进步，免疫学的成长，有很多不明病因的都以探明。目前，免疫疾的发病率高，治疗困难，需要高度重视。因此，慢性结肠炎在常规治疗需要更久的时间。

2、感染因素

感染在结肠炎病因中是主要病因之一。虽然在粪便中未能检致病菌、病毒或真菌。每当发病时，使用抗生素则有不同程度控病情和治果，这说明抗生素具有抑制大肠杆菌及其它致病菌，可减低临床症状，一般认为都与感染有关。

3、过敏因素

过敏性病变，受个体差异影响。主要是肠道性过敏，也时有累及皮肤。过敏性反应，是受致敏物质刺激，自身免疫引起反应，释放出自卫物质而激发大量免疫细胞凝聚、均结集在消化道粘膜表面，从而引起粘膜表面水肿充血及渗液等炎症发生。过敏性反应是随着人类生活、饮食习惯的改变，个体的差异，是消化过敏的主要因素。