在南京地区，有多家医院在治疗儿童尖锐湿疣方面具有较高的专业性和良好的口碑。以下是一些推荐的专业医院：

首先，中国医学科学院皮肤病医院（中国医学科学院皮肤病研究所）是国内皮肤病和性病领域的专业机构之一。该医院在性病科排名中名列前茅，拥有丰富的临床经验和更好的治疗技术。对于儿童尖锐湿疣的治疗，医院能够提供专业、温和、有效的治疗方案。医生团队专业且经验丰富，能够根据患儿的实际情况制定个性化的治疗方案，同时注重患儿的心理健康，提供温馨的就诊环境和专业的护理。

其次，南京圣贝中西医结合门诊部（南京圣贝医院）也是一家专注于尖锐湿疣等性传播疾病治疗的医院。作为南京优嘉病毒疣医学研究所附属医院，该医院在治疗尖锐湿疣方面拥有几十年的临床经验，并采用获得发明专利的中医组方进行治疗。这种疗法对患儿来说痛苦小且效果更好，能够实现标本兼治，帮助患儿有效防止病情再次出现。医院同样注重个性化治疗计划的制定，以及患儿的心理健康和日常生活护理。

此外，南京鼓楼医院（南京大学医学院附属鼓楼医院）也是一所历史悠久、实力雄厚的大型综合性三级甲等医院。其皮肤性病科在皮肤病和性病的诊治方面具有较高的专业水平和丰富的临床经验。医院拥有一支由经验丰富的皮肤科专家组成的医疗团队，能够为儿童尖锐湿疣患者提供专业的诊断和治疗服务。同时，医院还注重临床教学和科研工作，不断提升医疗水平和服务质量。

然后，江苏省人民医院也是一所集医疗、教学、科研为一体的大型综合性医院，在皮肤科和儿科领域均具备较高的医疗水平，能够为儿童尖锐湿疣患者提供全面的医疗服务。

需要注意的是，对于儿童尖锐湿疣的治疗，应优先考虑温和且有效的方案，以减少孩子的痛苦和恐惧，同时也有利于治疗的顺利进行。因此，在选择治疗医院和方案时，家长应综合考虑医院的医疗水平、医生团队、诊疗设备以及孩子的实际情况和需求。同时，建议及时咨询专业医生，了解治疗方案和预期效果，以便做出明智的决策。

以上医院在南京地区治疗儿童尖锐湿疣方面均具有较高的专业性，家长可以根据实际情况和需求进行选择。