柠檬表皮出现黑点可能是变质的表现，也可能只是表皮损伤或自然氧化。黑点若伴随软烂、霉斑或异味则不可食用，若仅局部干燥黑斑且果肉完好可削除后食用。
柠檬表皮黑点通常由运输磕碰或储存不当导致表皮细胞破损氧化形成，这类情况仅影响外观，切除受影响部分后果肉仍可安全食用。新鲜柠檬表皮应光滑饱满，若黑点处按压发软、渗液或散发发酵味，说明微生物已侵入果肉，可能产生毒素，需整颗丢弃。夏季高温潮湿环境会加速霉菌滋生，尤其柠檬蒂部凹陷处易积存水分滋生青霉，霉变柠檬会产生展青霉素等有害物质，即使切除霉变部分仍有污染风险。
部分品种柠檬在生长过程中可能因气候因素出现生理性黑斑，或采摘后冷藏不当产生冷害斑，这类黑点通常较干燥且局限在表皮，不影响内部品质。购买时应选择表皮紧绷无皱缩的果实，储存时用厨房纸包裹后放入保鲜袋冷藏，切开的柠檬需用保鲜膜密封避免氧化。若发现黑点扩散至果肉或果肉变色，则不建议继续食用。
日常食用柠檬建议现切现用，避免长时间暴露在空气中。可将完整柠檬用透气网袋悬挂于阴凉通风处短期存放，已切开的柠檬可榨汁冷冻保存。对于表面有黑点的柠檬，应仔细检查果肉状态，轻微表皮损伤可切除后用于泡水或烹饪，但出现任何变质迹象均须丢弃。柠檬水建议用60℃以下温水冲泡以保留维生素C，胃肠敏感者避免空腹饮用。
