绿豆芽焯水后可以冷冻，但口感会变差。焯水能短暂抑制氧化酶活性，冷冻则会导致细胞结构破坏。新鲜绿豆芽更适合凉拌或快炒，冷冻后建议用于炖煮类菜肴。
焯水后的绿豆芽经过高温处理，表面微生物被有效杀灭，此时进行冷冻可延长保存时间。但植物细胞在冷冻过程中形成的冰晶会刺破细胞壁，解冻后水分大量流失，质地变得绵软失去脆嫩感。家庭冷冻建议将焯水后的豆芽沥干水分，分装进密封袋排出空气，冷冻温度控制在零下18度以下，可保存一个月左右。解冻时直接放入沸水或热汤中加热，避免反复冻融。
部分特殊品种的绿豆芽如黑豆芽、黄豆芽因蛋白质含量较高，冷冻后质地变化更为明显。这类豆芽焯水后若需冷冻，可先用盐水浸泡十分钟增强细胞韧性，再快速过冰水锁定色泽。商用冷库采用的速冻技术能减少冰晶损伤，但家庭冰箱难以达到相同效果。若追求最佳风味，仍建议现买现吃或冷藏保存不超过三天。
长期冷冻的绿豆芽营养价值会有部分流失，尤其维生素C和B族维生素对温度敏感。日常饮食中可将冷冻豆芽与豆腐、菌菇等耐煮食材搭配，通过炖汤或烩菜方式弥补口感不足。注意解冻后的豆芽须彻底加热，避免细菌滋生，消化功能较弱者应控制食用量。新鲜蔬菜每日摄入量建议达到300克以上，冷冻蔬菜不应完全替代新鲜蔬菜。
