黄豆芽过夜建议放冰箱冷藏保存。泡水容易滋生细菌导致变质，冷藏可延缓腐败并保留更多营养。
黄豆芽含有丰富水分和蛋白质，室温泡水会加速细菌繁殖，尤其在夏季容易腐烂发黏。冷藏温度能抑制微生物活动，减少维生素C等水溶性营养流失。用保鲜盒或密封袋装好放入冰箱冷藏室，可保存1-2天，取出后需观察是否有异味或变色。若发现豆芽根部发黑或表面滑腻应立即丢弃。
特殊情况下如需短期泡水，建议使用凉白开并置于阴凉处，2小时内需食用完毕。泡水会导致豆芽吸水膨胀口感变差，且水中矿物质可能加速叶绿素分解使豆芽发黄。焯水后冷冻保存可延长存储时间，但解冻后质地会变软适合炖煮。
日常储存黄豆芽时，建议购买后尽快食用以保证新鲜度。清洗时摘除腐烂部分，避免用力揉搓破坏细胞结构。烹饪前用流水冲洗可去除表面杂质，急火快炒能最大限度保留脆嫩口感。脾胃虚寒者不宜过量食用，消化功能较弱人群可搭配姜丝或花椒烹调以中和寒性。
