剥开的菠萝蜜在常温下通常能存放1天左右，冷藏可保存3-5天。保存时间受成熟度、储存温度、密封程度等因素影响。
菠萝蜜果肉含糖量高且水分充足，常温环境下容易滋生细菌导致变质。若室温超过25摄氏度，果肉可能在12小时内出现发酵味或黏液。冷藏时需用保鲜膜紧密包裹切口，避免与其他食物串味，冷藏3天内风味变化较小，5天后可能出现局部软烂。冷冻保存可延长至1个月，但解冻后果肉口感会变软塌，适合用于制作甜品或果汁。
未完全成熟的菠萝蜜因酶活性较低，冷藏保存时间可延长至7天，但需每日检查果肉状态。若发现果肉颜色变深、散发酒精味或表面出现霉斑，应立即丢弃。建议根据食用量分装保存，减少反复解冻带来的品质下降。
储存菠萝蜜时避免使用金属容器，果酸可能引发氧化反应。食用前可观察果肉是否保持金黄光泽，轻按有弹性者为佳。日常可将果核洗净煮食，富含淀粉和膳食纤维。若需长期保存，建议制成菠萝蜜干或果酱，通过高温杀菌延长保质期至6个月以上。
