马蹄荸荠煮水一般建议去皮。带皮煮可能残留泥土或微生物，去皮后更安全且口感更佳，但若充分清洗后保留外皮也能保留部分膳食纤维。
马蹄荸荠外皮可能附着农田中的细菌或寄生虫卵，高温煮沸虽能杀菌，但去皮可进一步降低风险。外皮含有少量草酸钙结晶可能刺激口腔黏膜敏感人群，去皮后更适合儿童或消化较弱者食用。煮水时去皮马蹄荸荠的淀粉更易析出，汤汁会更清甜透亮，适合制作甜品或润肺饮品。
若选择保留外皮，需用硬毛刷在流水下彻底清洗表面沟壑，尤其注意芽眼处凹陷。带皮煮制时间需延长5-8分钟确保灭菌效果，煮后建议过滤掉沉淀物。外皮中的酚类物质会使汤汁颜色偏红褐色，虽不影响饮用但可能降低食欲观感。脾胃虚寒者饮用带皮煮水可能出现轻微腹胀。
新鲜马蹄荸荠建议冷藏保存不超过3天，煮水后可搭配雪梨或百合增强润燥功效。糖尿病患者需控制摄入量，每日饮用不超过200毫升。出现腹泻或皮疹等过敏反应应立即停用，煮水器具建议选用砂锅或不锈钢锅避免与铁器发生反应。体寒者可加两片生姜平衡寒性，饮用时温度以40-50摄氏度为宜。
