甲鱼的肉质口感与鸡肉或兔肉较为相似，具有细腻紧实的特点，同时带有独特的水产鲜味。甲鱼肉富含优质蛋白、胶原蛋白、维生素A及矿物质，适合体质虚弱者食用，但高尿酸人群需控制摄入量。
甲鱼的肉质纤维细嫩，咀嚼时既有禽类的弹性质感，又因生活习性而带有类似鱼类的清甜。其裙边部位富含胶质，煮熟后呈现半透明状，与猪蹄筋或牛筋的口感接近，但更为软糯易化。烹饪方式对风味影响显著，清炖时鲜味突出，红烧则更接近酱香型肉类。甲鱼血和胆汁具有特殊腥味，需专业处理去除，否则会影响整体风味体验。
甲鱼作为滋补食材常与中药材搭配，但过量食用可能导致消化不良。建议选择人工养殖的生态甲鱼，野生甲鱼可能积累重金属。食用时可搭配生姜、黄酒去腥，脾胃虚寒者应避免空腹食用。甲鱼汤冷却后形成的胶冻状物质是胶原蛋白凝结所致，可加热后继续食用，保留营养。
