柠檬的选择需根据用途决定，榨汁或调味适合用大柠檬，直接食用或点缀适合用小柠檬。
大柠檬果肉饱满汁水丰富，适合榨取柠檬汁或制作柠檬水，能够提供更多柠檬汁液。大柠檬表皮较厚耐储存，适合需要长期保存的情况。大柠檬酸度相对较低，适合对酸味敏感的人群。大柠檬果皮面积大，适合制作柠檬片或柠檬皮屑。大柠檬香气浓郁持久，适合用于烹饪调味。
小柠檬果肉细腻口感清爽，适合直接切片食用或制作凉拌菜。小柠檬表皮薄易处理，适合需要快速使用的情况。小柠檬酸度较高风味鲜明，适合喜欢浓郁酸味的人群。小柠檬外形精致美观，适合作为饮品或菜肴的点缀。小柠檬维生素C含量相对更高，营养密度较大。
无论选择大柠檬还是小柠檬，建议挑选表皮光滑无斑点的果实。储存时可放入冰箱冷藏延长保鲜期，使用前用清水冲洗表面。柠檬汁接触空气易氧化，现榨现用能保留更多营养。胃酸过多者应控制柠檬食用量，避免空腹食用柠檬。日常饮食中可搭配蜂蜜或温水调和柠檬的酸涩感。
