青花椒可以直接冷冻，能够延长保存时间并保留风味。新鲜青花椒洗净晾干后装入密封袋冷冻，可保存较长时间；若未经处理直接冷冻可能导致水分流失或串味。
新鲜青花椒含有挥发性芳香物质，冷冻时建议先去除杂质和多余水分，分装成小份密封。冷冻过程中细胞结构会因冰晶形成轻微改变，解冻后更适合用于炖煮或炒菜，能较好保持麻香风味。注意避免反复解冻，每次取用后尽快放回冷冻层。
青花椒若带枝冷冻，枝条可能因低温变脆影响使用。单独分离花椒颗粒冷冻效果更佳，可铺平在托盘预冻后再集中装袋。冷冻超过三个月后风味可能逐渐减弱，建议在最佳风味期内使用。
日常使用冷冻青花椒时，可直接从冷冻室取出所需量，无须完全解冻即可入菜。长期保存需定期检查密封性，避免受潮结霜。搭配干燥剂或真空包装能进一步提升保存效果，适合大量囤积时采用。冷冻保存的青花椒可用于火锅底料、卤味制作或凉拌提味，但不宜直接作为鲜花椒装饰使用。
