苦瓜在新鲜且未经过度烹饪的状态下生吃最营养。苦瓜富含维生素C、膳食纤维和苦瓜素等活性成分，高温烹煮可能导致部分营养素流失。生吃苦瓜能最大限度保留其清热解暑、调节血糖的生物活性，但脾胃虚寒者应控制摄入量。
苦瓜中的维生素C对热敏感，长时间加热易被破坏，生食可完整获取该成分。苦瓜素是苦瓜降糖作用的关键物质，研究显示其耐热性较差，生吃更利于发挥调节血糖的功效。新鲜苦瓜的膳食纤维含量较高，直接食用能促进胃肠蠕动，帮助改善便秘问题。选择表皮翠绿饱满、无破损的嫩苦瓜，清洗后切片凉拌或榨汁，可减少营养损耗。
部分人群生吃苦瓜可能出现胃肠不适，轻度焯水处理可降低刺激性。将苦瓜快速焯烫后冰镇，既能软化纤维改善口感，又可保留较多营养成分。苦瓜籽含有少量毒性成分葫芦素，生吃前需彻底去除白色瓜瓤部分。凉拌时搭配少量姜蒜或蜂蜜，能中和寒性并提升风味接受度。
苦瓜性寒，每日生食量建议控制在100克以内，空腹时不宜食用。搭配鸡蛋、瘦肉等优质蛋白食物可平衡寒凉特性，经期女性及腹泻患者应避免生吃。食用后出现腹痛腹泻需立即停用，储存时需冷藏并尽快食用，切开后放置超过两小时易滋生细菌。苦瓜品种选择上，表面瘤状突起明显的品种通常苦味物质含量更高，营养密度更大。
