榴莲可以放冰箱冷藏保存，但不宜冷冻。榴莲冷藏可延缓成熟速度，保持果肉质地2-3天；冷冻会导致果肉细胞破裂，解冻后口感变差。
榴莲属于热带水果，冷藏时建议将果肉用保鲜盒或保鲜膜密封，避免与其他食物串味。冰箱温度设置在4-8摄氏度为宜，可减缓果肉氧化发黑。若榴莲已完全成熟，冷藏后需在24小时内食用完毕，否则易发酵产生酒精味。未开封的整颗榴莲不建议冷藏，外壳会阻隔冷气传导，导致内部果肉变质。
冷冻榴莲会破坏其纤维结构，解冻后水分流失严重，果肉呈现海绵状。部分甜品店使用冷冻榴莲制作糕点，是因经过二次加工可掩盖质地缺陷。家庭保存若需延长至1周以上，可将果肉打成泥状分装冷冻，用于制作冰淇淋或烘焙原料，但鲜食风味会大幅降低。
保存榴莲时需注意观察果壳裂缝，若已有明显裂口需优先食用。冷藏后的榴莲取出后建议室温放置10分钟再食用，风味更佳。肠胃敏感者应控制单次食用量，避免冷藏榴莲与冰饮同食刺激胃肠。若发现果肉发酸或有异味应立即丢弃，避免食用变质水果引发腹泻。
