一整个菠萝蜜可以常温保存或冷藏保存，具体方式取决于成熟度和食用计划。未切开的完整菠萝蜜在常温通风处可存放3-5天，冷藏可延长至1-2周。若已切开，需去除果核并用保鲜膜包裹果肉冷藏。
菠萝蜜属于热带水果，完整带壳时外皮能有效隔绝空气和微生物。常温保存时需放置于阴凉干燥处，避免阳光直射或潮湿环境。表皮出现轻微凹陷或褐色斑点属于正常现象，但若散发酸腐味或渗出黏液则已变质。未成熟的青绿色菠萝蜜可通过与苹果香蕉等乙烯释放型水果同放加速成熟。
切开后的菠萝蜜需特别注意防腐处理。果肉接触空气后易氧化变色，建议用食品级密封盒分装冷藏。冷藏温度需保持在4-8摄氏度，温度过低会导致果肉冻伤变硬。冷冻保存虽可存放1个月以上，但解冻后果肉口感会变软烂，适合后续用于制作果酱或甜品。保存期间定期检查果肉状态，发现局部霉变需整批丢弃。
日常保存时可先用干布擦拭表皮污渍，避免水汽滞留加速腐烂。食用前将冷藏的果肉取出静置10分钟恢复甜度，搭配柠檬汁可延缓切面氧化。建议根据家庭人数分批次处理，完整菠萝蜜每次取用后重新包裹切口处保鲜膜，减少果肉暴露时间。特殊体质者需注意新鲜度，霉变菠萝蜜可能引发过敏反应。
