透明的山竹果肉通常属于变质现象，新鲜优质山竹应为乳白色果肉。山竹变质可能由储存不当、成熟过度或微生物污染等原因引起，建议丢弃避免食用。
新鲜山竹的果肉呈均匀乳白色，质地柔软多汁。当果肉出现透明化时，往往意味着细胞结构已被破坏，可能因长时间冷藏导致冻伤，或运输过程中遭受挤压损伤。这类山竹虽然未必产生有害物质，但口感会明显变差，营养价值大幅降低。
部分透明山竹可能因存放环境湿度过高滋生霉菌，果肉会出现酸败味或霉斑。若发现果壳与果肉连接处有黄色渗出液，或果肉呈现半透明凝胶状，则表明已发生腐败变质。食用此类山竹可能引发胃肠不适，尤其免疫力较弱人群更需谨慎。
选购山竹时应选择果壳深紫红色、按压有弹性、蒂瓣鲜绿的果实。储存时建议用纸巾包裹后放入冰箱蔬果室，保持温度在10度左右。已切开的山竹需当天食用完毕，若发现果肉颜色异常或散发异味应立即停止食用。日常可通过观察果壳硬度与重量判断新鲜度，同等体积下较重者通常汁水更饱满。
