马蹄熬水一般建议削皮，但若清洗彻底且对表皮无过敏反应时也可带皮熬煮。马蹄皮可能残留泥土或微生物，削皮更安全卫生；保留表皮则能增加膳食纤维和部分抗氧化成分的摄入。
马蹄表皮可能附着农田中的泥沙、细菌或农药残留，直接熬水存在卫生隐患。削皮后熬煮可避免杂质影响口感，减少消化负担，尤其适合胃肠敏感人群。传统中医认为去皮马蹄性味更平和，适合用于润肺止咳的食疗方。若选择带皮熬制，需用硬毛刷反复冲洗缝隙，并用淡盐水浸泡以降低残留风险，熬煮时间需延长以确保杀菌效果。
马蹄皮含少量芦丁、鞣质等活性成分，带皮熬水可能增强清热效果，但涩味较明显。表皮中的粗纤维对改善便秘有一定帮助，但消化功能较弱者可能出现腹胀。部分人群对马蹄皮中生物碱敏感，可能引发皮肤瘙痒或口腔不适。若追求药膳功效，建议咨询中医师调整配伍；若仅作日常饮品，去皮更易被大众接受。
马蹄熬水后可根据体质添加冰糖或蜂蜜调味，虚寒体质者可加两片生姜中和寒性。熬制时间控制在20-30分钟为宜，久煮会破坏维生素C。饮用时建议过滤残渣，每日不超过300毫升，糖尿病患者需减少糖分添加。新鲜马蹄应选择表皮完整无霉斑的，去皮后若发现果肉发黄或有黑芯应停止食用。
