干木耳在密封干燥环境下可保存1-2年，泡发后的木耳冷藏不超过24小时。木耳变质主要表现为霉斑、黏腻感或酸腐味，出现这些特征时禁止食用。
未开封的干木耳保质期较长，储存时需避免受潮和高温环境。包装完好的干木耳置于阴凉通风处，通常可维持18个月以上品质。若发现干木耳颜色发黄、有虫蛀或包装漏气，即使未到标注保质期也应丢弃。泡发过程是木耳安全食用的关键环节，冷水泡发建议控制在4小时内，温水泡发不超过2小时。泡发时间过长会导致微生物大量繁殖，夏季室温下泡发超过6小时即存在风险。
特殊情况下需警惕快速变质现象。泡发后的木耳若接触油脂或生水，腐败速度会显著加快。部分人群误将木耳置于不锈钢盆中泡发，金属离子催化作用可能使木耳12小时内产生米酵菌酸等毒素。烹饪后的木耳菜肴若未及时冷藏，在30℃以上环境放置超过4小时即可能变质。冷冻保存会破坏木耳细胞结构，解冻后口感变差且更易腐坏，不建议采用此法延长保质期。
正确保存的木耳可保留大部分营养成分，包括多糖类物质和可溶性膳食纤维。日常储存建议使用透气性好的纱布袋或陶瓷罐，定期检查是否有受潮结块现象。购买时选择朵形完整、背面绒毛清晰的优质木耳，劣质产品更易提前霉变。对于特殊体质人群，食用前可用淡盐水焯烫1分钟进一步杀菌，消化功能较弱者应控制单次摄入量在50克以内。若误食变质木耳出现恶心呕吐等症状，须立即就医进行洗胃处理。
