花菜冷藏一般能保存3-5天，实际保存期限与花菜的新鲜程度、冷藏温度、包装方式等因素有关。
花菜冷藏时若未经处理直接存放，叶片和花球易失水萎蔫，建议用保鲜膜包裹花球部分或放入透气性食品袋中，可减缓水分流失。冷藏温度需控制在0-4摄氏度，避免与苹果、香蕉等释放乙烯的水果同放，否则会加速花菜变质。若花菜出现发黄、软烂或霉斑，说明已不适宜食用。
若将花菜焯水后沥干冷冻，保存期可延长至8-12个月。焯水能灭活导致腐败的氧化酶，冷冻状态可抑制微生物繁殖。但解冻后口感会变软，更适合用于炖煮类菜肴。需注意冷冻前需分装成小份，避免反复解冻。花菜冷藏后若表面出现黑点但未腐烂，切除变质部分后仍可食用。
为延长花菜保鲜期，购买时应选择花球紧实、颜色洁白的新鲜花菜，冷藏前无须清洗。日常可观察花菜基部切口，若发黑或渗出黏液需立即丢弃。建议根据食用量分批次处理，避免长时间储存造成营养流失，焯水后冷冻的花菜维生素C保留率约为鲜品的60%，适合长期备餐使用。