水果玉米放置几天后甜度下降通常与水分流失和淀粉转化有关。新鲜采摘的水果玉米糖分含量较高，但存放过程中水分蒸发会导致口感变差，同时部分糖类可能逐渐转化为淀粉。
水果玉米采摘后仍会进行呼吸作用，消耗内部糖分。常温存放时，玉米中的水分通过表皮孔隙快速蒸发，糖分浓度虽暂时升高，但持续脱水会使玉米粒皱缩变硬。冷藏环境虽能延缓变质，但低温会促使部分可溶性糖转化为淀粉类物质，甜味感知明显减弱。建议将未食用完的水果玉米用保鲜膜包裹后冷藏，尽量在两天内吃完。
若水果玉米出现表皮发皱、按压无弹性或散发酸味，说明已发生腐败变质。这种情况多因存放环境湿度过高导致霉菌滋生，或采收时已有机械损伤加速腐败。变质的玉米不仅甜味消失，还可能产生有害物质，须立即丢弃不可食用。购买时应选择苞叶翠绿、须丝湿润的新鲜玉米，避免选购预剥皮的裸露玉米。
为保持水果玉米的最佳风味，建议现买现吃或采用冷冻保存。将玉米洗净后整根装入密封袋冷冻，可保存较长时间，解冻后蒸煮仍能保留部分甜味。日常存放时可保留2-3层苞叶，用喷湿的厨房纸包裹根部后直立冷藏，能减缓水分流失速度。烹饪时选择隔水蒸而非水煮，有助于锁住玉米的天然甜味。