芥末通常不是由芥菜直接制作而成。芥末主要分为黄芥末和绿芥末两种，黄芥末由芥菜种子研磨制成，绿芥末则多由山葵根茎加工而成。
黄芥末的原料是芥菜种子，属于十字花科植物，种子经过研磨后加入水、醋等调料调制而成，味道辛辣刺激，常用于西式热狗、汉堡等食品调味。黄芥末含有硫代葡萄糖苷类物质，遇水后分解产生异硫氰酸酯，这是其辛辣风味的主要来源。绿芥末又称山葵酱，传统做法使用山葵根茎磨成泥状，由于山葵香气易流失，现多用辣根、芥末粉和食用色素混合制成仿制品。山葵的辛辣成分与黄芥末不同，主要为异硫氰酸烯丙酯，对鼻腔刺激性更强但消散更快。
山葵对生长环境要求苛刻，需流动的冷凉山泉水栽培，导致真品价格昂贵。市售管装绿芥末多为辣根制品，包装标注山葵含量超过一定比例才可称山葵酱。黄芥末与绿芥末在营养成分上都含有少量维生素和矿物质，但主要价值在于促进食欲和杀菌作用。食用时需控制量，过量可能刺激胃肠黏膜，胃炎患者应慎用。
日常选择芥末制品时可查看配料表区分原料类型，黄芥末适合搭配烤肉等油腻食物解腻，绿芥末更常与生鱼片同食杀菌。无论哪种芥末都应密封冷藏保存，开封后尽快食用以保证风味。特殊体质者初次尝试建议少量测试，避免过敏或胃肠不适反应。合理使用芥末可为菜肴增添风味层次，但不宜作为主要营养来源长期大量摄入。