辣椒素在高温下会部分分解，但完全分解需要极高温度。辣椒素的热稳定性受温度、加热时间等因素影响，日常烹饪难以使其完全失效。
辣椒素是辣椒中的主要辣味成分，属于一种生物碱类化合物。在100摄氏度左右的常规烹饪温度下，辣椒素仅会发生轻微分解，辣味保留较多。短时间爆炒或煮沸对辣椒素含量影响有限，这也是辣味菜肴经烹饪后仍保持辛辣口感的原因。当温度达到200摄氏度以上时，辣椒素分子结构开始明显破坏，但家庭厨房的煎炸温度通常难以达到完全分解所需的250-300摄氏度高温环境。
工业食品加工中采用超高温瞬时灭菌技术可能使辣椒素显著降解，但这类工艺需要专业设备支持。部分研究显示，辣椒素在酸性或碱性环境中加热时分解速度会加快，但普通食醋或食用碱的添加量不足以造成明显影响。干燥辣椒制品经过长期储存后辣度降低，主要与辣椒素氧化有关而非单纯温度因素。
日常饮食中若需降低辣椒素刺激，可搭配乳制品或淀粉类食物缓解灼烧感。处理辣椒时建议佩戴手套避免皮肤接触，烹饪时保持通风减少挥发性刺激。对辣味敏感者应控制辣椒摄入量，胃肠功能较弱人群避免空腹食用辛辣食物。