茶叶蛋一般不会显著破坏蛋白质，但高温和长时间煮制可能影响部分蛋白质的吸收利用率。茶叶蛋的制作过程主要涉及蛋白质变性而非破坏，其营养价值仍可保留大部分。
茶叶中的单宁酸与鸡蛋蛋白质结合可能形成不易消化的复合物，但这种结合对整体蛋白质吸收的影响较小。常规煮制条件下，鸡蛋中的优质蛋白、维生素和矿物质仍能较好保留，仅部分热敏感营养素如维生素B群可能流失。茶叶蛋的蛋白质结构变化属于物理性改变，不会导致氨基酸的分解或营养价值的完全丧失。
若采用反复煮沸或长时间卤制的方式，可能加剧蛋白质过度变性，降低消化酶的作用效率。尤其当卤汁反复使用多次后，亚硝酸盐含量上升可能对健康产生潜在风险。传统隔夜卤制的茶叶蛋因长时间浸泡，其质地会变得更紧实，但这不等于蛋白质被破坏，而是分子结构重排的结果。
建议选择新鲜煮制的茶叶蛋，避免购买颜色过深或卤制时间超过24小时的产品。搭配富含维生素C的蔬菜水果食用可促进铁元素吸收，同时注意每日摄入量控制在1-3个为宜。高血压患者应减少食用卤汁过咸的茶叶蛋，儿童和消化功能较弱者可选择煮制时间较短的版本以保证蛋白质更好吸收。