超市购买的紫菜通常可以直接食用，但需确认包装标注为即食型或经过灭菌处理。紫菜可能含有沙粒或微生物污染，建议通过清洗或加热提升安全性。
紫菜在加工过程中可能附着海洋中的微小沙粒或细菌，直接食用未处理的干紫菜可能带来卫生隐患。包装标注开袋即食的紫菜通常经过辐照杀菌或高温烘干处理，可安全食用。若为散装或未标明即食的紫菜，用凉开水快速冲洗后沥干水分能减少杂质，用微波炉中火加热30秒也可有效杀菌。
部分特殊情况下需谨慎处理紫菜。沿海地区传统晾晒的紫菜可能残留较多盐分和藻类代谢物，浸泡10分钟能降低钠含量。甲状腺功能异常者应注意控制摄入量，紫菜中高碘可能干扰激素分泌。对海产品过敏人群首次尝试应少量测试，观察是否出现皮肤瘙痒或胃肠不适反应。
日常食用紫菜时可搭配维生素C丰富的食物促进铁质吸收，如凉拌时加入柠檬汁或甜椒。避免与高鞣酸食物同食影响矿物质利用，建议间隔两小时再饮用浓茶或食用柿子。储存时注意密封防潮，开封后尽快食用完毕以防霉变，潮湿结块的紫菜可能产生致癌物质，须丢弃处理。孕妇及婴幼儿食用前建议咨询医师意见。