苦瓜干存放两年后不建议继续饮用。苦瓜干可能因储存不当出现霉变、虫蛀或有效成分流失，长期存放可能影响安全性和营养价值。
苦瓜干在干燥通风环境下短期保存通常可以维持品质，但超过一年后容易受潮霉变。霉变产生的黄曲霉毒素等有害物质可能损伤肝脏，肉眼难以完全辨别霉变程度。同时，苦瓜中的活性成分如苦瓜苷会随时间降解，降血糖、抗氧化等保健效果显著降低。若发现苦瓜干颜色发黑、有异味或质地变软，应立即停止食用。
特殊情况下，若苦瓜干经过真空密封且全程低温避光保存，外观气味无异常，理论上可延长保存期。但家庭储存条件难以达到专业标准，且苦瓜干作为农产品仍存在缓慢氧化问题。即使外观正常，其有效成分含量也难以保证，尤其用于保健目的时效果会大打折扣。
建议选择新鲜制作的苦瓜干，开封后3-6个月内饮用完毕。储存时使用密封罐并放入食品干燥剂，置于阴凉避光处。若需长期保存保健食材，可考虑冷冻处理或定期更换。出现任何变质迹象均须丢弃，避免因小失大引发健康风险。日常保健更推荐适量食用新鲜苦瓜，营养价值和安全性更有保障。