制作松花蛋通常建议使用鸭蛋，鸭蛋的脂肪含量较高且蛋壳较厚，更适合腌制工艺。鸡蛋也可用于制作松花蛋，但成品风味和质地会略有差异。
鸭蛋的蛋白质和脂肪比例更均衡，腌制过程中能形成更浓郁的琥珀色凝胶状蛋白和墨绿色蛋黄，口感绵密且带有特殊香气。鸭蛋壳的透气性适中，有利于碱液缓慢渗透，使成品松花蛋的松花结晶更明显。传统工艺中常用草木灰或黄泥包裹鸭蛋，通过碱性物质与蛋内成分反应形成独特风味。
鸡蛋制作的松花蛋蛋白透明度较高，蛋黄颜色偏黄且质地较松散，因蛋壳较薄可能导致碱渗透过快而出现苦味。若使用鸡蛋需缩短腌制时间，并控制碱液浓度以避免蛋白液化。鸡蛋松花蛋更适合追求清淡口感的人群，但需注意部分鸡蛋品种因胆固醇含量较高，不适合高血压患者过量食用。
无论选用鸭蛋或鸡蛋，建议选择新鲜、无裂纹的蛋品，腌制前需彻底清洁蛋壳表面。食用时搭配姜醋汁可中和碱性，胃肠功能较弱者应控制摄入量。自制松花蛋需严格监控温度与时间，避免亚硝酸盐超标，儿童及孕妇建议选择市售合格产品。