新鲜木耳在常温下通常能保存1-2天，冷藏可延长至3-5天。保存时间受储存温度、湿度、包装方式、木耳初始状态及是否预处理等因素影响。
新鲜木耳含有较高水分，常温放置易滋生细菌导致变质。若环境温度超过25摄氏度，木耳可能12小时内出现发黏、异味。未清洗的木耳表面附着杂质会加速腐败，建议购买后尽快用清水冲洗并沥干水分。冷藏时需用透气保鲜袋或纱布包裹，避免密封袋内凝结水汽。
若木耳已焯水处理，冷藏保存期可延长至5-7天。焯水能灭活部分酶类并减少微生物，但需确保彻底晾凉后再冷藏。冷冻保存可使木耳维持1-2个月，但解冻后口感会变软糯，适合用于炖煮类菜肴。需注意冷冻前需分装成小份，避免反复解冻。
建议根据食用计划选择保存方式，短期食用可冷藏并定期检查状态。若发现木耳变软、发酸或出现黑斑应立即丢弃。烹饪前需再次清洗，充分加热至熟透。日常储存时可搭配干燥剂或与生姜、大蒜同放抑制细菌，但不宜与高水分蔬菜混放。长期保存推荐晒干或烘干制成干木耳，使用时泡发即可。