小米脱粒最简单的方法是手工搓揉法。将晒干的小米穗放在平整的容器中，用手反复搓揉使谷粒脱落，再用簸箕或筛网分离杂质即可完成脱粒。
手工搓揉法适合家庭少量小米脱粒需求，操作时选择干燥晴朗的天气进行，避免潮湿导致谷粒发霉。搓揉前可将小米穗平铺晾晒，待穗轴变脆后更易脱粒。搓揉力度要均匀适度，过度用力可能碾碎米粒。脱粒后建议用细孔筛网过滤，去除碎秸秆和空壳，保留完整米粒。若条件允许，可借助木制搓板或橡胶垫增加摩擦力，提高脱粒效率。
对于较大规模的小米脱粒，传统石碾碾压法更为高效。将晒干的小米穗均匀铺在石碾轨道上，用畜力或机械带动石磙反复碾压，使谷粒与穗轴分离。此方法需注意控制碾压次数，避免米粒破碎。脱粒后需经过多级风选和筛分，去除不同比重的杂质。现代小型电动脱粒机也能快速完成作业，适合种植户使用，但需调整滚筒间隙防止损伤米粒胚芽。
小米脱粒后应置于通风干燥处保存，定期翻动防止虫蛀。新脱粒的小米含有较多水分，建议摊开晾晒后再装袋储藏。食用前可进行二次筛选，确保无砂石杂质。传统脱粒方法能最大限度保留小米的营养成分，避免机械高温对维生素B族的破坏。若需长期储存，可将干燥小米装入密封容器，加入花椒或干辣椒等天然驱虫材料。