芒果部分发黑若仅因轻微磕碰或低温冻伤，切除变黑部分后通常可以食用；若因霉变腐烂则不建议食用。芒果变黑主要有机械损伤、低温冻害、霉菌感染、氧化褐变、过熟发酵等原因。
芒果表皮因运输碰撞产生的黑色斑块属于机械损伤，内部果肉未受污染时，削去变色部分即可安全食用。冷藏导致的低温冻伤会使芒果表皮出现黑斑，但果肉若无异味或发软，去除表皮后仍可食用。霉变产生的黑斑常伴随绒毛状菌丝和酸臭味，霉菌毒素可能扩散至整个果实，食用存在安全隐患，建议丢弃。切开的芒果果肉变黑多为氧化反应，维生素C流失但无毒，尽快食用不影响安全性。过熟发酵的芒果果肉发黑并伴有酒味，口感变差且可能滋生有害微生物，不宜继续食用。
芒果储存时需注意避免挤压碰撞，成熟后尽快食用或冷藏保存。购买时选择表皮完好无凹陷的果实，变软的芒果应置于阴凉通风处。食用前仔细检查果肉状态，霉变果实即使小范围发黑也需整颗丢弃。日常可将未熟芒果与苹果香蕉一同存放加速成熟，切开后可用柠檬汁延缓氧化。对芒果过敏者应避免接触果皮汁液，糖尿病患者需控制摄入量。