先煮荷包蛋再煮汤圆更合适，荷包蛋需要更长的烹饪时间且不易煮散，汤圆则需短时间加热避免软烂。
荷包蛋需要在水温较低时下锅，保持蛋白凝固而蛋黄半流心的状态，通常需要3-5分钟。若后放荷包蛋，沸腾的水流易冲散蛋白，且汤圆释放的淀粉会使水变浑浊，影响荷包成型。荷包蛋煮至定型后捞出备用，同一锅水煮沸后下汤圆，汤圆浮起即可与荷包蛋组合，既能保证两者熟度又避免串味。若使用冷冻汤圆，可待水沸后调至中小火防止爆裂。
特殊情况下如需制作酒酿蛋汤圆，可同步下锅但需控制火候。酒酿汤底煮沸后转小火，先打入荷包蛋微火浸熟，再放入汤圆短时加热。此时荷包蛋会吸收甜味，汤圆保持Q弹，但需注意搅拌避免粘锅。糖尿病或控糖人群建议分开烹饪，减少汤圆淀粉溶入汤中影响血糖。
煮制时选择深锅避免溢锅，荷包蛋用新鲜鸡蛋更易定型，汤圆解冻10分钟再煮可防开裂。搭配枸杞或红枣能增加营养，胃肠功能较弱者建议将汤圆煮至完全软烂。若作为早餐食用，可搭配少量蔬菜平衡膳食，注意总热量控制避免过量摄入精制碳水。