生理期同房通常不会怀孕，但存在极少数意外怀孕的可能。女性生理期时子宫内膜脱落，卵子尚未排出，受孕概率较低。但若月经周期过短或排卵提前，精子在体内存活时间较长时，仍可能发生意外受孕。
女性生理期时卵巢通常未进入排卵阶段，此时同房精子难以与卵子结合。月经周期规律的女性排卵日多在下次月经前14天左右，生理期同房后精子在女性生殖道内可存活2-3天，若月经周期短于21天或排卵异常提前，精子可能等到卵子排出后完成受精。部分女性会将排卵期出血误认为月经，此时同房怀孕概率显著增加。
极少数情况下，女性可能在一个月经周期内排出两个卵子，或出现排卵期大幅提前的激素紊乱现象。这类特殊体质可能导致生理期同房后怀孕。临床曾有个案显示，月经第3天同房后怀孕的情况，这与精子存活时间延长、卵泡发育异常等因素有关。
虽然生理期同房怀孕概率较低，但仍建议采取避孕措施。月经期间女性宫颈口开放，同房可能增加细菌感染风险，引发盆腔炎等妇科疾病。若出现月经周期紊乱或异常出血，应及时就医检查排卵功能。计划避孕时，安全期计算法失败率较高，建议结合避孕套等更可靠的避孕方式。
