饮用菊花茶可能出现胃肠不适、过敏反应、低血压、加重体寒及药物相互作用等副作用。菊花茶含有挥发油、黄酮类物质，过量饮用或体质特殊者可能出现不良反应。
1、胃肠不适
菊花性微寒，空腹或过量饮用可能刺激胃肠黏膜，引发腹痛、腹泻等症状。胃肠功能较弱者饮用后易出现恶心、胃胀等不适。建议餐后饮用，单日用量不超过5-6朵干菊，可与红枣、枸杞等温性食材搭配中和寒性。
2、过敏反应
菊花所含绿原酸等成分可能诱发过敏，表现为皮肤瘙痒、红疹或呼吸道水肿。既往对菊科植物过敏者需禁用。首次饮用建议先少量尝试，出现口唇麻木等异常应立即停用并就医。
3、低血压
菊花的降压成分可能增强降压药效果，导致血压过低。正在服用硝苯地平控释片、卡托普利片等药物的高血压患者，需避免大量饮用菊花茶，防止出现头晕、乏力等低血压症状。
4、加重体寒
阳虚体质者长期饮用可能加重手脚冰凉、月经不调等寒症。此类人群可将菊花与生姜、红糖同煮减轻寒性，或选择性质温和的滁菊代替杭白菊。冬季及经期女性建议减少饮用频次。
5、药物相互作用
菊花茶可能影响华法林钠片的抗凝效果，与镇静类药物如艾司唑仑片同服会增强中枢抑制。服用上述药物期间需间隔2小时以上饮用，化疗患者应咨询医生后决定是否饮用。
健康人群适量饮用菊花茶具有清肝明目功效，建议每日1-2杯，持续饮用不超过3个月。饮用后出现明显不适需停用并就医。特殊体质者、孕产妇及慢性病患者建议在中医师指导下调整配伍和用量，避免与药性冲突的食材同服。储存菊花茶需密封避光，变质花瓣可能产生致敏物质。