黄连的主要效果包括清热燥湿、泻火解毒、抗菌消炎等，常用于治疗湿热痞满、呕吐吞酸、泻痢黄疸、高热神昏、心火亢盛、血热吐衄、目赤牙痛、痈肿疔疮等病症。
1、清热燥湿
黄连性寒味苦，归心脾胃胆大肠经，具有显著的清热燥湿功效。湿热内蕴导致的脘腹胀满、恶心呕吐、腹泻痢疾等症状，可使用黄连配伍其他药物治疗。现代研究证实黄连中的小檗碱能抑制肠道致病菌生长，改善胃肠黏膜炎症状态。代表性中成药有黄连上清片、黄连素片等。
2、泻火解毒
黄连对心火亢盛引起的高热烦躁、口舌生疮有良好效果，其泻火作用主要通过抑制中枢神经系统兴奋性实现。对于热毒壅盛导致的疮疡肿毒，黄连解毒汤等方剂能显著缓解局部红肿热痛。实验显示黄连提取物对金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌等病原微生物具有抑制作用。
3、抗菌消炎
黄连所含生物碱对多种细菌、病毒、真菌均有抑制作用。临床常用于细菌性痢疾、急性胃肠炎等感染性疾病，可配伍黄柏、黄芩使用。现代制剂如盐酸小檗碱片、复方黄连素片等广泛用于肠道感染治疗。其抗炎机制与抑制炎症因子释放、降低毛细血管通透性有关。
4、调节血糖
黄连中的药效成分能促进胰岛素分泌，改善胰岛素抵抗，对2型糖尿病有一定辅助治疗作用。研究显示黄连素可抑制肠道α-糖苷酶活性，延缓葡萄糖吸收。常用复方制剂如消渴丸、降糖宁胶囊等均含有黄连成分。
5、保肝利胆
黄连能促进胆汁分泌，降低转氨酶水平，对肝炎、胆囊炎等肝胆疾病有改善作用。其保肝机制与抗氧化、抑制肝星状细胞活化有关。代表方剂如茵陈蒿汤、龙胆泻肝丸等均利用黄连的利胆功效治疗黄疸型肝炎。
使用黄连需注意其苦寒特性，脾胃虚寒者慎用，长期服用可能影响胃肠功能。建议在中医师指导下辨证使用，避免与温热性质药物同用。日常可配伍生姜、大枣等缓和药性，服药期间忌食辛辣油腻。出现食欲减退、腹痛腹泻等不良反应时应及时停药就医。