肚子不舒服时一般不建议吃大蒜，可能刺激胃肠黏膜加重不适。大蒜虽有杀菌消炎作用，但辛辣成分可能加重腹痛、腹泻或反酸等症状。
大蒜中的大蒜素和硫化物对健康人群有促进消化、增强免疫等益处，但胃肠功能紊乱时，其刺激性会直接作用于炎症部位。急性胃肠炎、胃溃疡发作期食用可能引发胃部灼烧感，肠易激综合征患者可能因肠道敏感出现痉挛性疼痛。中医认为生大蒜性热，湿热型腹泻或胃火旺盛者更应避免。
部分轻微消化不良者少量食用熟蒜可能缓解胀气，如蒸煮后的大蒜刺激性降低，或与油脂类食物同食可减缓刺激。但需观察个体反应，出现嗳气、肠鸣音亢进等情况应立即停用。
胃肠不适期间建议选择小米粥、山药羹等温和食物，必要时遵医嘱服用蒙脱石散、双歧杆菌三联活菌胶囊等药物。恢复期再逐步尝试少量蒜末调味，避免空腹食用生蒜。持续腹痛或便血需及时排查胃炎、肠息肉等器质性疾病。