胃肠神经官能症通过规范治疗和长期管理通常能有效控制症状，但彻底治愈需结合个体差异。胃肠神经官能症可能与自主神经功能紊乱、心理因素、胃肠敏感性增高等因素有关，需通过药物干预、心理调节及生活方式调整综合治疗。
胃肠神经官能症的治疗效果与患者依从性密切相关。规范使用调节胃肠动力的药物如多潘立酮片、马来酸曲美布汀胶囊，或抗焦虑药物如盐酸帕罗西汀片，可缓解腹胀、腹痛等症状。同时认知行为治疗能帮助患者纠正对症状的过度关注，减少焦虑引发的胃肠反应。长期保持低FODMAP饮食，避免辛辣刺激食物，规律作息也有助于减少复发。
部分患者因遗传易感性或合并其他功能性胃肠病，症状可能反复出现。这类情况需定期随访，调整治疗方案。若合并肠易激综合征或功能性消化不良，需针对具体症状叠加用药，如匹维溴铵片改善肠痉挛，复方谷氨酰胺肠溶胶囊修复黏膜屏障。
胃肠神经官能症患者应建立饮食日记记录诱发症状的食物，优先选择易消化的粥类、蒸煮蔬菜及低脂蛋白。每日进行30分钟有氧运动如快走或游泳，有助于调节自主神经功能。避免过度劳累和情绪波动，必要时可参与正念训练。症状持续加重或出现体重下降、便血等预警表现时，需及时复查胃镜或肠镜排除器质性疾病。
